Το ΣΑΕ μελετά, εποπτεύει, συντονίζει και υλοποιεί την ανοικοδόμηση των εδαφών που θα επανέλθουν στη Δημοκρατία. Οι συγκεκριμένες αρμοδιότητες του ΣΑΕ αναμένεται να ρυθμιστούν με σχετική νομοθεσία που βρίσκεται υπό ετοιμασία. Οι πόροι για τον καταρτισμό της Στρατηγικής εξασφαλίζονται από τον Υπουργό Οικονομικών με βάση σχετική απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου με αριθμό 59.240 της 14.1.2004. Με την ίδια απόφαση ο Υπουργός Εσωτερικών ηγείται Υπουργικής Επιτροπής Ανοικοδόμησης και Επανεγκατάστασης, με συμμετοχή και των Υπουργών Οικονομικών, Παιδείας και Συγκοινωνιών & Έργων.

Η ανοικοδόμηση και επανεγκατάσταση αναμένεται να προγραμματιστεί και να υλοποιηθεί με βάση ολοκληρωμένη και συστηματικά επεξεργασμένη Στρατηγική. Η Στρατηγική θα προνοεί για την προγραμματισμένη, ασφαλή και αποτελεσματική επιστροφή του εκτοπισμένου πληθυσμού.

Το ΣΑΕ υλοποιεί τις πολιτικές κατευθύνσεις, οδηγίες και αποφάσεις του Υπουργικού Συμβουλίου, μέσω της Υπουργικής Επιτροπής, σχηματίζει ή διορίζει Επιχειρησιακές Μονάδες Ανοικοδόμησης και Επανεγκατάστασης (ΕΜΑΕ) στις οποίες ανατίθεται η μελέτη ή και οι παρεμβάσεις σε επιμέρους αντικείμενα και θέματα (πχ πολεοδομικός σχεδιασμός, σχεδιασμός υποδομών για την παροχή άμεσων και μόνιμων υπηρεσιών, κ.ο.κ.).

Η Υπουργική Επιτροπή υποστηρίζεται από Συμβουλευτική Επιτροπή Ανοικοδόμησης και Επανεγκατάστασης (ΣΕΑΕ) στην οποία εκπροσωπούνται διάφοροι φορείς (τοπική αυτοδιοίκηση, οργανισμοί δημόσιας ωφέλειας, το ΕΤΕΚ, οργανωμένοι φορείς παραγωγικών τάξεων, κ.ο.κ.).

Το ΣΑΕ για να μπορέσει να επιτελέσει το έργο του, πέρα από τη μελέτη και θεσμοθέτηση της έκτακτης ειδικής νομοθεσίας, έχει την ευθύνη

• συγκέντρωσης και οργάνωσης όλων των πληροφοριών και στοιχείων που είναι διαθέσιμα στις κρατικές υπηρεσίες, φορείς και ιδιώτες αναφορικά με τα χαρακτηριστικά της σημερινής φυσικής κατάστασης των εδαφών που τώρα δεν ελέγχονται από το Κράτος,

• αξιολόγησης των χαρακτηριστικών αυτών και καταγραφής των αναγκών που προκύπτουν από τη διάγνωση της υφιστάμενης κατάστασης, με ιδιαίτερη έμφαση στην κατάσταση των υποδομών (οδικού δικτύου, δικτύων μεταφοράς και διανομής ηλεκτρικής ενέργειας και νερού, παροχής τηλεφωνικών συστημάτων, αποχετευτικών συστημάτων, κ.ο.κ.),

• καταγραφής των αξιόλογων περιβαλλοντικών στοιχείων και συλλογής πληροφοριών που είναι αναγκαίες για το καθένα από αυτά, όπως και καταγραφής των περιβαλλοντικών προβλημάτων που αντιμετωπίζονται ή προβλέπεται να αντιμετωπιστούν,

• εκπόνησης προκαταρκτικού προϋπολογισμού για την υλοποίηση της Στρατηγικής και των επιμέρους πολιτικών της και εντοπισμού των δυνατών πηγών χρηματοδότησης, και

• αξιολόγησης των επιπτώσεων που θα προκύψουν στην υπόλοιπη Κύπρο και σε συγκεκριμένες περιοχές σε περίπτωση εμπλοκής σε διαδικασίες ανοικοδόμησης και επανεγκατάστασης ώστε η όποια ανοικοδόμηση να καταστεί συμπληρωματική και όχι ανταγωνιστική της υφιστάμενης οικονομικο-κοινωνικής κατάστασης.